凝膠滲透色譜柱是GPC的關鍵部件，使用不當或撞擊跌落可能會降低柱效或造成損壞。因為測定的聚合物分子量分布范圍的多變性，為匹配其分子量范圍，GPC使用的柱子需要較為頻繁的更換。這樣可能導致色譜柱接頭部位的螺紋，因多次拆卸而磨損變形。在連接或拆卸時不要用力過猛，每次上緊的程度應盡量保持一致，略加用力使其不滲漏溶劑，這樣可以延長柱接頭的使用壽命。
如何選擇合適的凝膠滲透色譜柱：
1、根據樣品的溶解性質，判斷是水相還是有機相，以此選擇對應的溶劑類型。盡可能選擇色譜柱填充溶劑與樣品溶劑相同的色譜柱,以消除色譜柱溶劑轉換的需求，因為溶劑的轉換會降低色譜柱的壽命；
2、選擇有效分子量范圍覆蓋樣品分子量范圍的色譜柱；
3、注意單一孔徑柱與混床柱的選擇：
單一孔徑柱用同樣孔徑的填料裝填，更關注于某一特定的分子量范圍的柱效；
混床柱用不同孔徑的填料裝填或稱為“線性柱”，更關注于用較少的色譜柱到更寬的分子量范圍；
與混床柱相比，單一孔徑柱在特定分子量范圍內可以提供更高的分辨率。
凝膠滲透色譜柱的拆除和保存：
完成實驗分析后，緩慢將柱溫箱溫度降到室溫。
降至室溫后，要快速地用堵頭將儀器上拆下的色譜柱密封好，避免柱子里面的流動相溢出。
將色譜柱放入到廠家提供的包裝盒中，放置在溫度變化很少的室內，恒溫是較佳選擇。
柱子如長期不用，隔一段時間在儀器上沖洗一下，以確保柱子內的流動相不會揮發殆盡。
